Die ersten schriftlichen Angaben vom Gut Mõniste stammen aus dem Jahr 1386, zu welcher Zeit die Gutsbesitzer Uexküll die Güter in der Umgebung unter sich aufgeteilt haben. Die Familie Uexküll war eine der größten Landbesitzer im Bistum Tartu.

Während des Livländischen Krieges im Januar 1558 haben die Russen auch Mõniste angegriffen, allerdings wurden die Angriffe zurückgeschlagen. Die Mõniste Landschaft war bis zum  Nordkrieg ebenso bei Polen und Schweden unter Verwaltung. Während des Nordischen Krieges fand im Gut Mõniste am 5.-6. August 1702 eine zweitägige Belagerung statt, die mit der Niederlage der Russischen Truppen endete.

Die Güter Mõniste (Menzen) und Saru wurden im Jahr 1764 weiter an die Kosküll übertragen und ab dem Jahr 1837 gehörte es der Adelsfamilie Wulf, in deren Eigentum waren die Güter bis zur Estnischen Republik im Jahr 1918 geblieben. Schon vorher sind die kommunalen Verwaltungen abhängig von Gutsherren geworden.

Während des estnischen Freiheitskrieges ging Mõniste vier mal von Hand zu Hand und die Front stand hier vom 17. April bis zum 7. Mai 1919. In dieser Zeit wurde das Hauptgebäude zerstört. Am 27. Mai begann von da aus einer der größten Angriffe Estlands, der erst in Süd-Lettland, in Jekabpils, endete. In der Geschichte von Estland als auch von Lettland spielt dieser Feldzug eine sehr wichtige Rolle.

Die Jahre 1920-1940 waren die Blütezeit von Mõniste. Man gründete mehrere neue Vereine sowie Chöre und Blasorchester. Die Entwicklung wurde von der neuen Sowjetischen Union unterbrochen. Momentan sind wir wieder als ein Stolzes Grenzgebiet der unabhängigen Republik Estland an der Grenze zu Lettland. Die Grenze zwischen Estland und Lettland ist sehr selten in Europa, weil die beiden Nationen sich sehr gut verstehen, die Geschichte von beiden Ländern ist sehr ähnlich, jedoch sind die Sprachen sich gegenseitig total unverständlich.